Trên đà phân hóa giữa bậc THCS và THPT, cùng với sự gia tăng nhanh chóng số lượng học sinh trong độ tuổi, Trường THCS Long Thành Bắc đã ra đời vào thời điểm chuyển giao của thiên niên kỷ mới. Trường được thành lập vào ngày 20 tháng 8 năm 2000 theo quyết định của UBND huyện Hòa Thành, trên cơ sở tách ra từ cơ sở 2 của Trường Mạc Đỉnh Chi. Những ngày đầu, trường đặt tại ấp Sân Cu, xã Long Thành Bắc, huyện Hòa Thành, tỉnh Tây Ninh.

Buổi đầu thành lập, nhà trường đối diện với vô vàn khó khăn, thiếu thốn. Trường được xây dựng trên nền đất vốn là sân phơi của Hợp tác xã, nằm ở ranh giới giữa ruộng đồng và khu dân cư. Mỗi khi mùa mưa đến, con đường đến trường trở nên lầy lội, thầy cô giáo phải xắn quần lội nước đến gối, dòng nước phèn vàng đục đặc trưng của vùng đất. Cơ sở vật chất gần như trắng tay: khối văn phòng chỉ có một phòng nhỏ, không điện, không nước, không máy tính và cũng không có cả nhà vệ sinh. Dẫu vậy, với tinh thần vượt khó, tập thể cán bộ, giáo viên và học sinh vẫn kiên trì bám trường, bám lớp, từng bước xây dựng và phát triển nhà trường.

Trải qua hơn một thập kỷ phấn đấu, nhà trường dần ổn định và phát triển. Ngày 01 tháng 8 năm 2011, Trường THCS Long Thành Bắc được chuyển về địa điểm mới tại ấp Long Tân, xã Long Thành Bắc, huyện Hòa Thành, tỉnh Tây Ninh. Đây là dấu mốc quan trọng, mở ra điều kiện thuận lợi hơn về cơ sở vật chất, góp phần nâng cao chất lượng dạy và học.

Tiếp nối quá trình phát triển, đến năm 2022, trường chính thức được đổi tên thành Trường THCS Trần Phú, tọa lạc tại Khu phố Long Tân, phường Long Thành Bắc, thị xã Hòa Thành (nay thuộc phường Long Hoa, tỉnh Tây Ninh). Việc đổi tên không chỉ mang ý nghĩa hành chính mà còn thể hiện bước trưởng thành mới, khẳng định vị thế và định hướng phát triển bền vững của nhà trường trong giai đoạn hiện nay.Sau hơn hai thập kỷ xây dựng và trưởng thành, nhiều thế hệ học sinh đã trưởng thành từ mái trường, nhiều thầy cô đã tận tụy cống hiến, góp phần vun đắp truyền thống tốt đẹp. Tất cả đã tạo nên một Trường THCS Trần Phú ngày càng vững mạnh, đoàn kết, không ngừng nâng cao chất lượng giáo dục, xứng đáng là địa chỉ tin cậy của phụ huynh và học sinh trên địa bàn