Trường THPT Ngô Quyền được thành lập từ năm 1982 trực thuộc Sở GDĐT Hà Tây. Đến năm 2008, trường được đổi tên thành trường THPT Ngô Quyền – Ba Vì, trực thuộc Sở GDĐT Hà Nội.

Ngay từ đầu thành lập, nhà trường đã có đủ bộ máy hoạt động: Chi bộ Đảng, Ban Giám hiệu, Công đoàn, Đoàn TNCS HCM. Dưới sự chỉ đạo của Chi bộ Đảng, chính quyền đã kết hợp với các tổ chức chính trị - xã hội trong nhà trường nỗ lực hoàn thành nhiệm vụ của các cấp giao, xây dựng trường đạt chuẩn quốc gia năm 2016. Đạt danh hiệu Tập thể xuất sắc của Chủ tịch UBND Thành phố Hà Nội, Bằng khen của Bộ trưởng Bộ GDĐT.

Tính đến thời điểm hiện tại, trường có 48 lớp học với tổng số 2106 học sinh. Dù trải qua nhiều khó khăn từ những buổi đầu mới xây dựng, thế nhưng đội ngũ các thế hệ thầy cô giáo nhà trường vẫn luôn đoàn kết, nhất trí một lòng gắn bó với mái trường, vì sự nghiệp “trăm năm trồng người”.

Nhà trường luôn xác định mục tiêu "Giáo dục nhân cách trước khi truyền thụ tri thức". Công tác giáo dục đạo đức, lối sống cho học sinh THPT Ngô Quyền - Ba Vì đã đạt được những kết quả chiều sâu: Về đạo đức, lối sống: Nhà trường tích hợp giáo dục lý tưởng cách mạng, lòng yêu nước, và đạo lý "Uống nước nhớ nguồn" thông qua các buổi sinh hoạt dưới cờ, các hoạt động trải nghiệm sáng tạo và phong trào Đền ơn đáp nghĩa tại địa phương. Nhà trường cũng chung tay chia sẻ yêu thương, tổ chức các hoạt động nhân đạo từ thiện giúp đỡ học sinh có hoàn cảnh khó khăn. Xây dựng văn hóa học đường: Triển khai hiệu quả Bộ quy tắc ứng xử trong trường học. Phong trào "Học sinh THPT Ngô Quyền - Ba Vì nói lời hay, làm việc tốt, thanh lịch, văn minh" được duy trì thường xuyên, tạo chuyển biến rõ nét trong văn hóa giao tiếp giữa học sinh với thầy cô, bạn bè và gia đình. Xây dựng văn hóa số: Nhận thức được thách thức từ không gian mạng, trường đã tổ chức các chuyên đề tập huấn về “An toàn thông tin và văn hóa ứng xử trên không gian mạng”. Học sinh được hướng dẫn cách bộ lọc thông tin, tương tác lành mạnh trên Facebook, TikTok, không lan truyền tin giả, phòng chống bắt nạt mạng.

Xây dựng môi trường giáo dục an toàn, lành mạnh, thân thiện và trường học hạnh phúc. Mô hình trường học hạnh phúc với 3 tiêu chuẩn cốt lõi: Yêu thương, An toàn và Tôn trọng đã được cụ thể hóa bằng các hành động thiết thực. Môi trường an toàn, lành mạnh: Nhà trường phối hợp chặt chẽ với công an xã Cổ Đô tổ chức kiểm tra, giám sát, đảm bảo an ninh trật tự khu vực cổng trường và xung quanh trường. Cơ sở vật chất, phòng học, sân chơi được bảo dưỡng định kỳ, đảm bảo an toàn tuyệt đối cho học sinh. Trường học thân thiện, hạnh phúc: Giảm áp lực thành tích, thay đổi phương pháp tiếp cận từ "mệnh lệnh" sang "đồng hành". Mối quan hệ giữa thầy và trò, giữa trò và trò ngày càng gắn kết. Tổ chức thành công các ngày hội tài năng, giải thể thao thường niên giúp mỗi học sinh đều tìm thấy giá trị và thế mạnh của bản thân. Công tác phòng chống bạo lực học đường, nhà trường chủ trương "Phòng ngừa chủ động hơn giải quyết hậu quả", cam kết nói không với bạo lực học đường.

Giáo dục thể chất và chăm sóc sức khỏe học sinh là nền tảng để nâng cao chất lượng dạy và học. Nhà trường đã triển khai đồng bộ môn giáo dục thể chất được giảng dạy đầy đủ 48 lớp theo quy định, có các câu lạc bộ thể dục, thể thao, các hoạt động thể dục thể thao, rèn luyện sức khỏe trong nhà trường được quan tâm và tổ chức thường xuyên.